pynn_brainscales.brainscales2.standardmodels.cells

Classes

ArrayParameter(value)

Represents a parameter whose value consists of multiple values, e.g.

CalibHXNeuronCoba(plasticity_rule, *, …)

HX Neuron with automated calibration.

CalibHXNeuronCuba(plasticity_rule, *, …)

HX Neuron with automated calibration.

HXNeuron(**parameters)

One to one representation of subset of parameter space of a lola.AtomicNeuron.

NeuronCellType(plasticity_rule, **parameters)

Network addable cell with plasticity rule handle.

ParameterSpace(parameters[, schema, shape, …])

Representation of one or more points in a parameter space.

Population(size, cellclass[, cellparams, …])

A group of neurons all of the same type.

Quantity(data[, units, dtype, copy])

SpikeSourceArray(**parameters)

Spike source generating spikes at the times [ms] given in the spike_times array.

SpikeSourcePoisson(start, rate, duration)

Spike source, generating spikes according to a Poisson process.

SpikeSourcePoissonOnChip(rate, seed)

Spike source, generating spikes according to a Poisson process.

StandardCellType(**parameters)

Network addable standard cell type, to be used as base for all cells.

Functions

pynn_brainscales.brainscales2.standardmodels.cells.build_translations(*translation_list)

Build a translation dictionary from a list of translations/transformations.

pynn_brainscales.brainscales2.standardmodels.cells.decompose_in_member_names(composed_name: str) → Tuple[str, str]

Extract member and attribute of a lola.AtomicNeuron from composed name.

This function can be used to retrieve the original name of the member and the attributes of the lola.AtomicNeuron for the keys in the dictionary returned by get_values_of_atomic_neuron. For example ‘multicompartment_i_bias_nmda’ is decomposed in the member ‘multicompartment’ and the attribute ‘i_bias_nmda’.

Parameters

composed_name – String which is a combination of a member of the lola.AtomicNeuron and an attribute of it. The two are combined by an underscore.

Returns

Tuple of the name of the member and the attribute.

get_values_of_atomic_neuron(atomic_neuron: AtomicNeuron(
get_values_of_atomic_neuron excitatory_input: SynapticInput(
get_values_of_atomic_neuron enable: 0
get_values_of_atomic_neuron i_bias_tau: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron i_bias_coba: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron i_shift_reference: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron i_bias_gm: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron v_rev_coba: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron enable_small_capacitance: 1
get_values_of_atomic_neuron enable_high_resistance: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_coba_mode: 0
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron inhibitory_input: SynapticInput(
get_values_of_atomic_neuron enable: 0
get_values_of_atomic_neuron i_bias_tau: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron i_bias_coba: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron i_shift_reference: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron i_bias_gm: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron v_rev_coba: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron enable_small_capacitance: 1
get_values_of_atomic_neuron enable_high_resistance: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_coba_mode: 0
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron leak: Leak(
get_values_of_atomic_neuron v_leak: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron i_bias: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron enable_degeneration: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_division: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_multiplication: 0
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron reset: Reset(
get_values_of_atomic_neuron v_reset: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron i_bias: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron enable_degeneration: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_division: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_multiplication: 0
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron threshold: Threshold(
get_values_of_atomic_neuron enable: 0
get_values_of_atomic_neuron v_threshold: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron multicompartment: Multicompartment(
get_values_of_atomic_neuron connect_soma: 0
get_values_of_atomic_neuron connect_soma_right: 0
get_values_of_atomic_neuron connect_right: 0
get_values_of_atomic_neuron connect_vertical: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_conductance: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_conductance_division: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_conductance_multiplication: 0
get_values_of_atomic_neuron i_bias_nmda: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron constant_current: ConstantCurrent(
get_values_of_atomic_neuron enable: 0
get_values_of_atomic_neuron i_offset: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron type: source
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron membrane_capacitance: MembraneCapacitance(
get_values_of_atomic_neuron capacitance: MembraneCapacitorSize(0)
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron adaptation: Adaptation(
get_values_of_atomic_neuron enable: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_pulse: 0
get_values_of_atomic_neuron invert_a: 0
get_values_of_atomic_neuron invert_b: 0
get_values_of_atomic_neuron v_ref: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron i_bias_tau: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron i_bias_a: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron i_bias_b: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron v_leak: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron exponential: Exponential(
get_values_of_atomic_neuron enable: 0
get_values_of_atomic_neuron v_exp: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron i_bias: Value(0)
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron event_routing: EventRouting(
get_values_of_atomic_neuron analog_output: off
get_values_of_atomic_neuron enable_digital: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_bypass_excitatory: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_bypass_inhibitory: 0
get_values_of_atomic_neuron address: NeuronBackendAddressOut(0)
get_values_of_atomic_neuron enable_post_overwrite: 0
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron readout: Readout(
get_values_of_atomic_neuron enable_buffered_access: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_amplifier: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_unbuffered_access: 0
get_values_of_atomic_neuron source: membrane
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron refractory_period: RefractoryPeriod(
get_values_of_atomic_neuron input_clock: InputClock(0)
get_values_of_atomic_neuron reset_holdoff: ResetHoldoff(15)
get_values_of_atomic_neuron refractory_time: RefractoryTime(0)
get_values_of_atomic_neuron enable_pause: 0
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron bayesian: Bayesian(
get_values_of_atomic_neuron to_post_pulse: 1
get_values_of_atomic_neuron operation: local
get_values_of_atomic_neuron connect_fire_vertical: 0
get_values_of_atomic_neuron connect_fire_to_right: 0
get_values_of_atomic_neuron connect_fire_from_right: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_master: 0
get_values_of_atomic_neuron enable_slave: 0
get_values_of_atomic_neuron )
get_values_of_atomic_neuron), exclude: Optional[List[str]] = None) -> dict

Get values of a LoLa Neuron instance as a dict.

Parse the atomic neuron and save the values of all members and their attributes in a dictionary. The keys of the dictionary are the member’s name and it’s attributes name combined by an underscore.

Parameters

  • atomic_neuron – Atomic neuron from which to get the values.

  • exclude – Members to exclude from parsing.

Returns

Dictionary with the values saved in the atomic neuron.